وقف يعقوب الحضرمي بإثبات الياء إذا كانت محذوفة في الوصل لالتقاء الساكنين إذا كان الساكن غير تنوين فوقف يعقوب بإثبات الياء على الأصل خلافا لأصله وهي أحد عشر حرفا في سبعة عشر موضعا:
(وَمَنْ يُؤْتَ الْحِكْمَةَ)(البقرة: من الآية269) وهي عنده مكسورة التاء.
(وَسَوْفَ يُؤْتِ اللَّهُ)(النساء: من الآية146)
(وَاخْشَوْنِ الْيَوْمَ )(المائدة: من الآية3)
(يَقُصُّ الْحَقَّ)(الأنعام: من الآية57) قرأها يعقوب (يقض الحق) بالضاد المعجمة.
(نُنْجِ الْمُؤْمِنِينَ)(يونس: من الآية103)
(وَادِ النَّمْلِ)(النمل: من الآية18)
(بِالْوَادِ الْمُقَدَّسِ طُوىً)(طـه: من الآية12)
(بِالْوَادِ الْمُقَدَّسِ طُوىً)(النازعـات: من الآية16)
(الْوَادِ الْأَيْمَنِ)(القصص: من الآية30)
(لَهَادِ الَّذِينَ آمَنُوا)(الحج: من الآية54)
(وَمَا أَنْتَ بِهَادِ الْعُمْيِ)(الروم: من الآية53)، وأما بهادي بالنمل فوقف عليها الجميع بالياء.
(يُرِدْنِ الرَّحْمَنُ )(يّـس: من الآية23)
(صَالِ الْجَحِيمِ)(الصافات: من الآية163)
(يَوْمَ يُنَادِ الْمُنَادِ)(قّ: من الآية41)
(فَمَا تُغْنِ النُّذُرُ)(القمر: من الآية5)
(وَلَهُ الْجَوَارِ الْمُنْشَآتُ)(الرحمن: من الآية24)
(الْجَوَارِ الْكُنَّسِ)(التكوير:16)